งานศาลายา คณะวิทยาศาสตร์ มีหน่วยงานภายใต้การกำกับดูแลทั้งหมด 2 หน่วยงาน ได้แก่ 

1. หน่วยบริการการศึกษาและธุรการ ซึ่งรับผิดชอบในด้านการประสานงานกับคณะ สำนักงาน และสถาบันอื่น ๆ ในด้านการเรียนการสอนของนักศึกษามหาวิทยาลัยมหิดล ชั้นปีที่ 1 และ 2 รวมทั้งดำเนินงานด้านบริหารธุรการของคณะวิทยาศาสตร์ ศาลายา

2. หน่วยเทคโนโลยีการศึกษาและอาคารสถานที่ ซึ่งรับผิดชอบในส่วนของการดูแลซ่อมบำรุง รักษาอาคารและสถานที่ของคณะวิทยาศาสตร์ วิทยาเขตศาลายา และการควบคุมระบบโสตทัศนูปกรณ์ เพื่อสนับสนุนด้านการศึกษา